Les principes de base du modèle de gouvernance du centre sur l’économie sociale au Canada atlantique sont ceux de l’inclusivité, de la transparence, de l’obligation de rendre compte, du renforcement des relations, du respect mutuel et d’un processus consultatif. Afin d’enchâsser et d’exprimer ces principes directeurs, le centre est organisé selon le model du « moyeu et des rais ». L’Université Mount Saint Vincent (MSVU) agit comme bureau central du centre, en plus d’accueillir un sous-centre, alors que l’Université de Moncton (UdeM), l’Université du Nouveau-Brunswick (UNB), l’Université Saint Mary’s (SMU), l’Université de l’Île-du-Prince-Édouard (UPEI) et le « Community Services Council of Newfoundland & Labrador » (CSC) accueillent des sous-centres. La direction générale, l’intégration et la gestion sont assurées par le Comité directeur central. Le Comité de gestion facilite le travail du Comité directeur et aide à assurer la collaboration et la cohésion dans l’ensemble des sous-centres et des projets. Deux personnes sages offrent des conseils au Comité directeur et participent aux auto-évaluations contribuent leur aide aux auto-évaluations annuelles de l’équipe de recherche. Chaque sous-centre est dirigé par son propre Comité directeur de partenaires universitaires et communautaires.

Cette structure de gouvernance est conçue de manière à faciliter les innovations en matière de liaison, de liens affectifs et de renforcement des capacités dans la région atlantique et au-delà. Elle relie les partenaires et les projets de recherche, facilite l’utilisation efficace et transparente des ressources (monétaires et autres), et permet le renforcement des capacités des différents partenaires universitaires et communautaires. Plus particulièrement, cette structure permet de faire la liaison entre les différentes activités de recherche, ainsi qu’entre les partenaires et chercheurs qui sont parmi les « inclus » et les « exclus » de l’économie sociale au Canada atlantique.